L'Akatsuki est un groupe composé à l'origine de 10 ninjas déserteurs (9 suite au départ d'Orochimaru plusieurs années avant le début de l'histoire), provenant de différents pays disséminés dans le monde. Ce groupe, fondé par Madara Uchiwa, est considéré par les autres ninjas comme étant l'organisation criminelle la plus dangereuse et la plus redoutée du monde. Tous ses membres sont des criminels recherchés de rang S, le plus élevé. Ils sont dirigés par Pein, un nuke-nin du village d'Ame, qui est lui-même officieusement sous les ordres de Tobi.
Voici les membres de l'organisation par ordre d'apparitions dans le manga :
Itachi Uchiwa (Ninja de Konoha, décédé)
Kisame Hoshigaki (Ninja de Kiri)
Zetsu (Ninja de Kusa)
Deidara (Ninja d'Iwa,, décédé)
Sasori (Ninja de Suna, décédé)
Tobi (Ninja de Konoha)
Hidan (Village inconnu, enterré vivant)
Kakuzu (Ninja de Taki, décédé)
Konan (Ninja d'Ame)
Pein (Ninja d'Ame)